Unit Uji Bakteriologi merupakan salah satu unit dari BBPMSOH yang bertugas melaksanakan pengujian obat hewan. Obat hewan yang masuk ke BBPMSOH diuji umum dan uji khusus. Uji umum meliputi uji fisik, kemurnian, kevakuman, kelembaban, sterilitas dan uji kontaminasi bakteri. Uji ini dilakukan pada semua produk farmasetik dan premiks, vaksin bakterial dan viral. Pada uji khusus di Unit Uji Bakteriologi dilakukan uji keamanan, uji potensi dan uji kandungan bakteri pada vaksin bakterial. Selain menguji vaksin bakterial, juga dilakukan uji khusus pada antigen diagnostik dan probiotik.